曼城
2016年2月1日，曼城官方宣布瓜迪奥拉将于2016-17赛季成为球队新的主教练，签约三年。
2016-17赛季，瓜迪奥拉率领曼城豪取开局六连胜，但随后球队状态出现起伏，至赛季末期只能为欧冠资格而战，最终曼城全赛季取得23胜9平6负积78分的成绩位列联赛第三，取得晋级下赛季欧冠正赛的资格；在联赛杯中，曼城在联赛杯第四轮以0-1不敌德比对手曼联遭到淘汰；在欧冠联赛十六强中，曼城对摩纳哥第一回合主场5-3，第二回合客场3-1，合计6-6，因客场进球少遭到淘汰；在足总杯半决赛中，曼城加时赛1-2不敌阿申纳无缘决赛。曼城在本赛季未获得任何一座冠军，这也是瓜迪奥拉执教生涯首次遭遇无冠赛季。
不过在2017-18赛季，瓜迪奥拉打破了曼城低迷的局面。在英超赛事上曼城以32胜4平2负，积分100分的成绩坐拥英格兰顶级联赛榜首，并成为英超历史上第一支球队达到100分积分的球队，赛季中曼城的18连胜也创造了英格兰顶级联赛的纪录。但是欧冠赛事上却在八强赛事上被利物浦分别以客场3-0和主场1-2双杀淘汰，无缘欧洲冠军。赛季结束后，曼城宣布与瓜迪奥拉续约至2021年6月。
在2018-2019赛季，瓜迪奥拉再次带领曼城在英超取得98分，以1分压过次名的利物浦夺得英超冠军，成为最近十年连续两次夺冠的球队。瓜迪奥拉亦带领曼城夺得该季的社区盾、联赛杯及足协杯冠军，成为首支英格兰的“本土三冠王”球队。不过在欧冠方面，曼城未能更进一步。他们在8强遭逢托特纳姆热刺，第一回合作客负热刺1-0，第二回合主场4-3击败热刺，因作客进球不及对手而止步八强。
2019-20赛季，曼城状态不佳，尽管在赛季开始前的社区盾中击败利物浦夺冠，但在联赛中他们落后对手多达18分，国内赛场仅有连续第三次获得联赛杯冠军。在欧冠联赛中，曼城1-3负于里昂，连续三年止步八强。
2020-21赛季，瓜迪奥拉率领曼城完成联赛杯四连冠，并在开局一度跌至后十名的情况下夺得英超联赛冠军。在欧冠赛场，他率队历史首次进入欧冠决赛，最终0-1不敌切尔西屈居亚军。季中，曼城宣布瓜迪奥拉与球队续约至2023年6月。
2021-22赛季，瓜迪奥拉再度率领曼城以1分差力压利物浦卫冕英超冠军，但欧冠四强对皇家马德里首回合主场4-3拿下，次回合客场在先进球的大优下，被对手补时阶段连扳2球，接着加时赛又被踢入致胜12码，最后以3-1落败，总计5-6无缘决赛。
2022-23赛季，瓜迪奥拉率领曼城在联赛积分落后阿申纳248天的情况下，最终逆转并提前三轮卫冕，豪取英超三连冠。在欧冠方面，曼城再次挺进决赛，并以1-0击败国际米兰，帮助球队夺得队史第一座欧冠冠军。最终在同年夺得英超冠军、英格兰足总杯、欧冠冠军“三冠王”。季中，曼城宣布与瓜迪奥拉续约至2025年6月。
2023-24赛季，在阵容发生了较大变动的情况下，瓜迪奥拉率领曼城在英超联赛后半程发力，取得了连续22轮不败、收官9连胜的战绩，最终力压阿申纳2分实现了前无古人的英格兰顶级联赛四连冠。欧冠八强战中，曼城点球大战惜败皇家马德里，无缘连续四个赛季进军欧冠四强。此外，在2023-24年英格兰足总杯决赛中，曼城爆冷负于同城对手曼联，瓜迪奥拉也无缘连续两赛季包揽英超联赛与英格兰足总杯的前无古人的成就。
2024年11月10日凌晨，英超第11轮，曼城客场1比2不敌布莱顿。这是瓜迪奥拉执教生涯首次遭遇各项赛事4连败[8]。英超第12轮，曼城主场0-4不敌托特纳姆热刺，瓜迪奥拉个人执教连败的纪录增加至五连败。[9]2025年2月19日，曼城在欧洲冠军联赛淘汰赛附加赛中两回合3-6不敌皇家马德里无缘晋级淘汰赛，这是瓜迪奥拉教练生涯以来第一次在欧冠小组出局。2025年5月17日，曼城在英格兰足总杯决赛中以0-1爆冷不敌水晶宫，瓜迪奥拉的球队连续两年在足总杯决赛屈居亚军。